La RKA est créée comme agence gouvernementale le 25 février 1992, avec à sa tête Youri Koptev. La RKA intervenait essentiellement dans le domaine spatial civil ; les opérations spatiales militaires étant du ressort des Forces spatiales militaires. L'objectif de la RKA était de définir et coordonner les activités spatiales civiles de la Russie, aussi bien sur le plan politique qu'industriel. La tâche fut d'abord particulièrement difficile : bien que jeune et inexpérimentée, l'agence dut maintenir la cohésion avec les industriels russes tels que RKK Energia qui, dès les premières années qui ont suivi la chute de l'Union des républiques socialistes soviétiques (URSS), cherchent à négocier des contrats avec des agences étrangères dont la NASA et l'Agence spatiale européenne afin de survivre à l'effondrement de la sphère économique